在1998-2004年间,拜仁由奥特马·希斯菲尔德执教。在他执教的第一个赛季,拜仁获得了当年的德甲联赛冠军,欧洲冠军联赛冠军也几乎到手,只是在全场领先的情况下被曼联伤停补时阶段的两粒进球所击败。在1999-00赛季,拜仁获得了历史上第三个联赛杯赛双冠王。2000-01赛季,拜仁直到联赛的最后一轮才确定取得连续第三个德甲冠军。不久之后,拜仁在冠军杯决赛上依靠点球击败了瓦伦西亚,在时隔25年之后重新捧起冠军杯。2001-02赛季初,拜仁获得了丰田杯的冠军,但之后球队在其它赛事乏善可陈。2002-03赛季,拜仁获得了球队历史上的第四个双冠王,领先第二名26分的成绩也创造了德甲联赛的历史。希斯菲尔德的王朝在2004年终结,该年拜仁的表现令人失望,并且在杯赛也负于乙级球队亚琛而止步不前
菲利克斯·马加特接过了球队的教鞭,并带领拜仁获得了两个联赛杯赛双冠王。在2005-06赛季开始之初,拜仁的主场由原来的奥林匹克体育场搬迁至了新的安联竞技场,新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860共同拥有。拜仁在2006-07赛季的表现并不稳定,联赛表现不佳并且在杯赛再次输给了亚琛,马加特也在冬歇期过后不久离开了帅位。
2007年1月奥特马·希斯菲尔德重返球队,但拜仁在2006-07赛季最终仅仅获得了第四名的成绩,十年来首次无缘欧冠比赛,并且在其他战线一无所获。在2007-08赛季赛季开始前,拜仁对球队的阵容进行了大刀阔斧的改造和重建。球队一共签下了8名球员并且出售、解雇或者外借了9名球员。其中,最重要的引援是从佛罗伦萨引进卢卡·托尼、从云达不来梅引进米罗斯拉夫·克洛泽以及从马赛引进了弗兰克·里贝里。新的引援成功奏效,他们再次获得了2008年的双冠王,并从联赛开始起就一直占据榜首位置。
2008年1月11日,克林斯曼以希斯菲尔德继任者的身份与拜仁慕尼黑签约,他从2008年7月1日起主管球队。拜仁在2008-09赛季迎来了一个糟糕的开局,前6轮比赛中只胜2场,但之后稳步改进。在德国杯的四分之一决赛拜仁被勒沃库森击败;在冠军杯中,拜仁也在总比分12-1击败了里斯本竞技并创造了欧冠淘汰赛最悬殊比分记录后,被巴塞罗那以5-1淘汰出局。4月27日,也是主场败给沙尔克04并滑落至联赛第3后,克林斯曼被迫下课,前来取代他的是老帅尤普·海因克斯,他的任期一直到赛季结束。球队最终获得了联赛第二名,顺利晋级下一赛季的欧洲冠军联赛。2009-10赛季,拜仁聘请了荷兰名帅范加尔。在2009-10赛季,拜仁虽开局不佳,不过在上半程后期状态明显回升,最终在冬歇期时获得第三。在第33周联赛中,拜仁以3-1击败波鸿,提早一周夺得联赛冠军。
球衣及会徽
根据拜仁慕尼黑最初的球队章程,球队的球衣颜色应该是蓝色和白色,但是俱乐部在1905年加入MSC之前,一直身着的是白色的上衣和黑色的短裤。MSC要求,足球运动员应该身着红色短裤进行比赛,所以在后来的大部分时间当中,拜仁的球衣主色调变为了红色和白色,有时也会出现蓝色。1969-70赛季,拜仁主场球衣是蓝白间条衫,并且短裤和袜子的颜色同样是蓝色。1995年,拜仁的球衣也有相似的设计。但从1999年开始,拜仁回归了最初的颜色。长年以来,拜仁的客场球衣没有固定的颜色,曾经使用过的颜色包括了白色、黑色、蓝色以及黄绿色等。此外,拜仁还拥有一套第三球衣。
在20世纪80年代到90年代,每当拜仁客场对阵凯泽斯劳滕时,他们都会使用一款特殊的球衣。这款球衣与巴西国家队球衣相似,而身着这款球衣的理由出于迷信,因为球队很难在凯泽斯劳滕的主场取得胜利。
拜仁慕尼黑的会徽曾多次变更。最初,会徽由4个个性化的字母F,C,B,M构成,主色调是蓝色。1954年,拜仁的会徽第一次包含了巴伐利亚的州旗。长期以来,拜仁的会徽主色调是蓝色和红色。拜仁当前的会徽是一个写有FMün的红色圆环包裹着巴伐利亚州州旗。
俱乐部荣誉
国内
德国足球甲级联赛冠军(22次)
1931-32年;1968-69年;1971-72年;1972-73年;1973-74年;1979-80年;1980-81年;1984-85年;1985-86年;1986-87年;1988-89年;1989-90年;1993-94年;1996-97年;1998-99年;1999-00年;2000-01年;2002-03年;2004-05年;2005-06年;2007-08年;2009-10年
德国杯冠军(15次)
1957年;1966年;1967年;1969年;1971年;1982年;1984年;1986年;1998年;2000年;2003年;2005年;2006年;2008年;2010年
联赛杯冠军(6次)
1997年;1998年;1999年;2000年;2004年;2007年
欧洲
欧洲冠军俱乐部杯/欧洲冠军联赛冠军(4次)
1973-74年4-0胜西班牙马德里竞技
1974-75年2-0胜英格兰利兹联
1975-76年1-0胜法国圣埃蒂安
2000-01年1-1(点球5-4)胜西班牙巴伦西亚
欧洲联盟杯冠军(1次)
1995-96年5-1(2-0;3-1)胜法国波尔多
欧洲优胜者杯冠军(1次)
1966-67年1-0胜苏格兰流浪者
国际
洲际杯丰田杯冠军(2次)
1976年2-0(2-0;0-0)胜巴西克鲁塞罗
2001年1-0胜阿根廷博卡青年
现役球员
号码姓名国籍位置生日身高
1汉斯·布特
德国门将1974。5。28191
22鲁文·萨特迈尔
德国门将1987。8。7186